Los sacramentos incluían el bautismo, la confirmación, la comunión, la penitencia, el matrimonio, las órdenes sagradas y la unción de los enfermos (también conocida como extremaunción). Era necesario observar los sacramentos para ser considerado un cristiano en gracia de Dios, y estos ritos debían ser administrados por el clero católico para ser válidos. La iglesia cobraba por cada uno de estos ritos y, si no se podía pagar con dinero, había servir a la iglesia de Cristo. Hubo algunos que se dieron cuenta de que el clero vivía bastante bien y parecía mucho menos preocupado por su nivel de servicio que por adquirir artículos de lujo y vivir con comodidad.
Cualquier queja contra este tipo de comportamiento era una crítica a la propia iglesia y se no podía permitir. El reconocimiento de cualquier crítica habría requerido una reforma, lo cual no estaba entre los intereses de la iglesia. Aun así, algunos miembros importantes del clero pidieron cuentas a la iglesia, como el sacerdote y académico Pedro Abelardo (1079-1142), que afirmaba que la dialéctica (la práctica de investigar la verdad de una proposición de forma racional) debía aplicarse no solo a los sacramentos, sino a las políticas eclesiásticas e incluso a la misma biblia. La iglesia le condenó por hereje, quemó su obra y le obligó a retractarse.
Otros supuestos herejes llevaron su causa al pueblo, que con frecuencia abrazó las nuevas ideas antes de que la iglesia las aplastaras. La nobleza, especialmente, acogió una alternativa a la iglesia católica con la esperanza de que cualquier institución que la derrocara fuera menos intrusiva en sus asuntos. Los siguientes seis sistemas de creencias comenzaron como reacciones a la corrupción de la iglesia y desarrollaron su propia visión de la espiritualidad y la divinidad.
Los paulicianos (siglos VII-IX) fueron fundados en Armenia por Constantino-Silvano (muerto en 684) y fomentaron la comunicación directa con Dios a través de la oración. Defendían la vuelta a lo simple y la comunión del cristianismo primitivo, como se expresa en la vida de San Pablo (hacia 5- 67). No tenían iglesias y se reunían en los hogares de los adeptos, a los que llamaban "lugares de oración". Eran una fe dualista, creían en dos deidades todopoderosas (una buena y otra mala) en constante lucha y rechazaban la divinidad de Cristo y la veneración de María, así como todos los sacramentos y la jerarquía de la iglesia. Rechazaban por completo el concepto de sacerdocio, que establecía que la comunión con Dios era imposible sin la intervención de un sacerdote católico ordenado. La iglesia ordenó apedrear a Constantino-Silvano hasta la muerte, y quemar en la hoguera por herejes a muchos de sus seguidores o reubicarles con la esperanza de que se reformaran. Estos supervivientes desarrollaron, o al menos influyeron, la herejía de los bogomilos.
Los bogomilos (siglo XI) eran una secta religiosa formada en los Balcanes cuyo nombre es eslavo y probablemente significa "los queridos por Dios". Los bogomilos eran también una secta dualista, aunque desarrollaron el concepto de forma más completa. Creían que el mundo pertenecía a la deidad maligna y que el propósito de la vida era superar las tentaciones de este mundo y liberarse de las ataduras del cuerpo para volver al reino puro de Dios. Seguían los principios paulicianos al negar la divinidad de Cristo, la validez de los sacramentos y la jerarquía de la iglesia, pero incluían más elementos maniqueos y aspectos del gnosticismo griego. La iglesia les persiguió de forma constante, intentó eliminarlos mediante varias cruzadas, pero sus principios y su estructura organizativa básica sobrevivieron para influir en la herejía más conocida de la Edad Media: el catarismo.
Los cátaros (siglos XI-XIII, del griego "puros", también conocidos como albigenses por su asociación con la ciudad de Albi) eran una secta del sur de Francia que seguía en eencia las mismas creencias que los bogomilos, pero que, al igual que esta secta y los paulicianos, desarrollaba los conceptos. Los cátaros también eran dualistas y gnósticos, pero veneraban a una diosa Sofía (la sabiduría) que, según ellos, la iglesia había secuestrado y cuyo mensaje había pervertido. Los perfecti eran los clérigos cátaros, los creyentes eran credentes y había un tercer grupo de simpatizantes que eran nominalmente católicos. Los hombres y mujeres que ejercían de perfecti practicaban la abstinencia, eran vegetarianos y vivían en la pobreza, en marcado contraste con el clero católico. Algunos investigadores consideran que sus creencias influyeron en el desarrollo del género poético francés del amor cortés, ya que estaban asociados a dos mujeres que formaban parte de esa forma, Leonor de Aquitania (hacia 1122-1204) y su hija María de Champaña (1145-1198). la iglesia eliminó estas creencias en la cruzada albigense.
Los valdenses (siglo XII) fueron una secta distinta de las tres anteriores, fundada hacia 1177 por Pedro Waldo (hacia 1140-1205) de Lyon, Francia. Waldo era un comerciante adinerado que, buscando una relación más estrecha con Dios basada en las enseñanzas de Cristo, regaló su riqueza y predicó una doctrina de simplicidad, pobreza y servicio a los demás. Antes de distribuir su riqueza entre los pobres, pagó por la traducción de la biblia al provenzal, su lengua materna, y predicó el mensaje de Cristo directamente desde esa obra. Waldo y sus seguidores condenaron los aspectos mundanos de la iglesia (sobre todo La Donación de Constantino, que a su juicio contradecía directamente las enseñanzas de Cristo), además de negar la validez de los sacramentos (excepto el bautismo y la comunión), la existencia del purgatorio y la veneración de los santos y la Virgen. Cuando Waldo apeló al Papa Alejandro III (que sirvió entre 1159 y 1181) en 1179 para que lo aceptara, no se le consideró hereje, pero se le disuadió de predicar. Sin embargo, los valdenses acabaron siendo condenados por sus críticas a la iglesia, tachados de herejes, y tuvieron que huir a las montañas de Italia para escapar de la persecución.
Los lolardos (siglo XIV) eran los seguidores del sacerdote, filósofo y profesor de Oxford inglés John Wycliffe (1330-1384), que abogaba por una reforma drástica de la iglesia. Su nombre deriva de un término despectivo que les aplicaron los críticos a partir de la palabra neerlandesa para designar a alguien que balbucea oraciones. John Wycliffe hizo traducir la Biblia del latín al inglés medio, lo que permitió el acceso a las escrituras a cualquiera que supiera leer la lengua vernácula. A Wycliffe se le protegió en Oxford en virtud de la libertad de expresión académica, pero tras la revuelta de los campesinos de 1381, en la que al menos uno de los principales líderes campesinos era lolardo, la iglesia y el estado persiguieron a la secta. En 1395, los lolardos publicaron su documento Doce conclusiones de los lolardos, que condenaba, entre otras prácticas y políticas de la iglesia, la implicación de ésta en los asuntos temporales del estado, el celibato del clero, el sacerdotalismo, el pago de oraciones por los muertos, las cruzadas, la transubstanciación de la misa, la veneración de las reliquias de los santos y las peregrinaciones. Fueron perseguidos durante todo el siglo XV, pero sobrevivieron como movimiento clandestino y surgieron como una secta reputada tras la reforma inglesa.
Los husitas (siglo XV y posteriores) eran seguidores del filósofo y teólogo Jan Hus (1369-1415), rector de la Universidad Carolina de Praga, que admiraba la obra de Wycliffe y su defensa de la reforma. Hus y sus seguidores citaban con frecuencia los escritos de Wycliffe (prohibidos por la iglesia en el Reino de Bohemia) y se basaban en su propia defensa. Hus no fue considerado hereje hasta que se opuso a la venta de indulgencias (escritos comprados a la iglesia que reducían el tiempo de permanencia en el purgatorio) a la que Wycliffe también se había opuesto firmemente. A Hus se le llevó a juicio por su postura y otros comentarios que supuestamente había hecho y fue quemado en la hoguera en 1415. Su muerte desencadenó las guerras husitas entre 1419 - hacia 1434 entre los husitas y las fuerzas leales a la iglesia católica. Los husitas sobrevivieron a las cruzadas contra ellos y, al igual que los lolardos, se les reconoció durante la reforma protestante.
